Связывание белком ионных ПАВ, как правило, приводит к нарушению третичной структуры молекул белка. Анионные ПАВ, такие как ДСН, оказывают на белки более сильное денатурирующее воздействие, чем катионные ПАВ. Напротив, неионные ПАВ не влияют на третичную структуру белка. Денатурация белка обычно наблюдается на том участке изотерм связывания, где происходит значительное усиление неспецифических кооперативных взаимодействий. ДСН является сильным денатурирующим агентом по отношению к белкам, однако введение оксиэтиленовых групп в молекулу ПАВ приводит к резкому снижению воздействия на белок. Денатурирующее действие ДСН также снижается в присутствии неионных или цвиттерионных ПАВ. Интересно отметить, что некоторые ПАВ оказывают на белки стабилизирующее действие, повышая их устойчивость к тепловой денатурации.