Химические процессы, протекающие в биосфере Земли при участии живых организмов, изучает биогеохимия. Роль живых организмов в происходящих процессах огромна. Они определили круговорот химических элементов в природе, биогеохимические процессы. Под воздействием живых организмов разлагается растворённый в морской воде гидрокарбонат кальция Ca(HCO3)2. Ca CO3

используется организмами для построения своего скелета, скорлупы и т.д. после отмирания живых организмов из раковин возникают коралловые рифы и острова. Также за счёт энергии реакции существуют железобактерии. В болотах, канавах и прудах образуются хлопья гидроксида железа – чехлы погибших железобактерий. Такие колонии появляются в виде слизистого покрова в подтекающих водопроводных трубах. Результат биохимической деятельности – отложение «болотных» железных руд, в частности, Керченского месторождения.

Клубеньковые бактерии способны усваивать азот атмосферы и переводить его соединения, доступные для усвоения растений. Этот симбиоз особо благоприятно сказывается на урожайности бобовых культур. Микроорганизмы входят в состав бактериальных удобрений.