В молекуле тестостерона ципионата, вместо водорода в гидроксильной группе С17, к молекуле тестостерона присоеденена боковая цепь, состоящая из 8 атомов углерода, кольца циклопентана и одной карбоновой группы (=О). Тестостерон ципионат входит в группу наиболее сложных эфиров. Если сравнивать сложные эфиры по их молекулярной массе, то можно поставить их в таком порядке, начиная с наименьшей: ацетат, пропионат, фенилпропионат, изокапроат, капроат, энантат, ципионат, деканоат, ундесиленат, ундеканоат, лаурат. Наибольшей молекулярной массой обладает лаурат, который состоит из 12 атомов углерода, 24 атомов водорода и 2 атомов кислорода. Сложные эфиры могут присоединяться и к другим стероидам, не ограничиваясь только тестостероном.

Превращение тестостерона в дигидротестостерон происходит как в яичках, так и вне яичек с участием 5альфа-редуктазы. В течение этого процесса двойная связь между С5 и С4 уменьшается до одинарной(простой) связи, при этом к С4 и С5 присоединяются по одному атому водорода