Уход Н.А. Меншуткина с постов делопроизводителя и редактора не означал, что учёный отныне утрачивает связь с обществом. В 1902 г. его выбирают вице-председателем отделения химии. Председателем отделения в это время корифей русской физической химии Н.Н. Бекетов. Оба учёных достигли к этому времени крупных научных успехов и многое сделали для развития отечественной химии. Выборы их на должности председателя и вице-председателя- признание огромных заслуг этих учёных перед наукой и союзом русских химиков. В последние годы своей жизни Николай Александрович работает вице-президентом, а затем президентом объединенного Русского физико-химического общества.

Общественная деятельность Николая Александровича не ограничивалась только Химическим обществом. Он участвовал в съездах русских естествоиспытателей и врачей, активно работал в Обществе по организации помощи студентам, был почётным мировым судьёй Лужского уезда. Однако больше всего сил отдавал Н.А. еншуткин Петербургскому университету, а в последние годы жизни – Петербургскому политехническому институту, куда он перешёл в 1902 г.

Этот институт был создан для того, чтобы подготовить специалистов по самым различным областям техники: машиностроению, электромеханики, химической технологии и т.д. Преподавателями в институт были приглашены известные русские учёные. Н.А. Меншуткин стал деканатом металлургического отделения. На него были возложены обязанности по подбору кадров профессорского и лабораторного состава факультета, заботы по приобретению оборудования для технической и металлургической лабораторий. Созданное в институте «Совещание директора и деканатов» поручило Н.А. Меншуткину составить проект временных правил для студентов.

Плодотворная деятельность Н.А. Меншуткина продолжалась до последних дней. Перед новым,1907 г. он почувствовал недомогание. Встать с постели Н.А. Меншуткин уже не смог. 5 февраля 1907 г. Николай Алексеевич умер.