В конце своих работ по фосфорным кислотам Вюрц при ходит к еще одному правильному выводу, считая, что водородная теория кислот Дэви - Либиха должна быть предпочтена кислородной теории кислот Лавуазье. Фундаментальные исследования Вюрца по химии фосфорных кислот являются большим вкладом и неорганическую химию. Они вошли во все учебники химии. Химики XIX в. всегда испытывали затруднении при выяснении строения сложных неорганических веществ, богатых кислородом Вюрц выдвинул представление о том, что в таких соединениях кислородные атомы связываются друг с другом. В этой свежей мысли Вюрца нельзя не усмотреть зачатки учения о структуре перекисных молекул.

При исследовании фосфорных кислот (40-е годы XIX в.) Вюрц открыл и изучил гидрид меди. Он показал, что сернокислая медь восстанавливается фосфорноватисто-кислыми солями до металлической меди или водородистой меди Cu2H, в зависимости от условий опыт. Гидрид меди, взаимодействуя с соляной кислотой, разрушается и выделяет газообразный водород, причем последний выделяется не только из Сu2Н, но и из HCI. Эти факты Вюрц использовал как аргументацию в пользу представления о двухатомности молекул газообразного водорода. Открытие Вюрцем Cu2H получило очень высокую оценку со стороны Жерара и Бутлерова. Водородистая медь явилась одним из первых веществ в длинном ряду гидридов металлов, которые были открыты изучены и приобрели широкое практическое значение только в XX в.

Из органических веществ излюблиными объектами изучения Вюрца, стали соединения фосфора. Занимаясь химией фосфора, он открыл два новых важных соединения - тиофосфорную кислоту и хлорокись фосфора. Первое из них было получено действием щелочей на хлор-сернистый фосфор. Тиофосфорную кислоту H3PSO3 он рассматривал как трехосновную орто-фосфорную кислоту, в которой один атом кислорода заменен серой. Xлорокись фосфора Вюрц получил, действуя водой на пятихлористый фосфор: РС15 + Н2О РОС13 + 2НС1. В этой реакции идет замещение двух атомов хлора на атом кислорода. Хлорокись фосфора образуется также при взаимодействии PCl и гидроксилсодержащих органических веществ, в частности, спиртов карбоновых кислот и других. Открытая Вюрцем хлорокись фосфора послужила другим химикам реактивом для прекращения органических кислот и хлорангедриды и ангидриды; она бралась в качестве более мягкого -реагента, чем РСI5, используемого для тех же целей.

Изучая строение PCI5 и РОС13, Вюрц не принял дуалистической точки зрения об образовании их из половинок PCI3+CI2 и РСI3+О. Он больше склонялся к толкованию состава открытых им веществ с унитарных позиций и считал, что отдельные части одного и того же химического здания могут быть, разнородными.

Во многих статьях и книгах Вюрц развивал мысль об отсутствии резко очерченных границ между минеральными и органическими соединениями и считал, что эти группы веществ связаны многочисленными аналогиями и переходам. Вюрц справедливо кладет в основу классификации веществ идеи атомно-молекулярной теории и атомности (валентности) элементов и радикалов. Это позволяет ему вскрыть глубокие аналогии между минеральными и органическими веществами.