Всем масс-спектрометры нужен вакуум, чтобы ионы могли достичь детектора без столкновений с другими газообразными молекулами или атомами. Если такие столкновения случаются, прибор подвержен уменьшению разрешения и чувствительности. Высокие давления также могут вызывать разряд напряжений в землю, что может повредить прибор, его электронику или компьютерную систему, обслуживающую масс-спектрометр. Мощная утечка, и основанный на ней прорыв атмосферы внутрь прибора, может серьёзно повредить масс-спектрометр, уничтожив электростатические линзы, забрызгав оптику насосным маслом или повредив детектор. В общем, поддержание хорошего вакуума является ключевым моментом в получении высококачественных спектров.

Одним из первых препятствий, встреченных изобретателями масс-спектрометрии, было совмещение источника образцов и масс-спектрометра. Образцы, находящиеся при атмосферном давлении (760 Торр) перед помещением в вакуум масс-спектрометра (~10-6 Торр), что является разностью в давлении приблизительно в миллиард раз. Одним из подходов является введение образца через капиллярную колонку (ГХ) или через малое входное отверстие непосредственно в прибор. Другим подходом является изолирование камеры ввода образца при помощи вакуумного клапана (MALDI) и, после достижения приемлемого вакуума над образцом (<10-2 Торр) образец может быть представлен в основную часть вакуумной камеры (<10-5 Торр).

Масс-спектрометр показан на рис. 4.1 с тремя альтернативными насосными системами. Все три системы способны давать высокий вакуум, и все заканчиваются механическими насосами. Механический насос служит «рабочей лошадкой» для большинства масс-спектрометров и служит для получения первоначального вакуума порядка 10-3 Торр. После получения вакуума в 10-3 Торр, могут быть активированы другие насосные системы, такие как диффузионные, криогенные или турбомолекулярные, которые позволяют достичь вакуума до 10-11 Торр. [1]