Лигнин как полимер состоит из фенилпропановых структурных единиц (мономерных составляющих звеньев) - ФПЕ, обозначаемых сокращенно С6-С3, или единицы С9. Лигнин хвойных пород, появившихся в эволюции раньше лиственных, имеет структурных единиц (I). В состав лигнина лиственных пород, кроме гваяцилпропановых единиц, в значительных количествах входят сирингилпропановые единицы (II). Гваяциллропановые единицы (G-единицы) рассматривают как производные пирокатехина, а сирингилпропановые единицы (S-единицы) - как производные пирогаллола (схема 1.6). В соответствии с основным типом структурных единиц лигнины хвойных пород относят к гваяцильным лигнинам, а лигнины лиственных пород - к гваяцилсиригильным лигнинам. Кроме гваяцилпропановых единиц в состав хвойных лигнинов входят в небольшом количестве, а в состав лиственных лигнинов в еще меньшем n-гидроксифенилпропановые единицы (III). По сравнению с лигнинами древесных пород гидроксифенилпропановые единицы (Н-единицы) значительно большую долю составляют в лигнинах однодольных растений (трав, злаков).При нитробензольном окислении фенилпропановые единицы дают ароматические альдегиды. Гваяцилпропановые единицы окисляются в ванилин, сирингилпропановые - в сиреневый альдегид, гидроксифенилпропановые единицы в n-гидроксибензальдегид. По соотношению альдегидов судят о соотношении в лигнинах структурных единиц разного типа. Так, у лигнина ели (Рicea abies) соотношение единиц G:S:Н = 94:1:5, а у лигнина сосны (Pinus taeda) 86:2:12. Все лигнины, даже в пределах одной клеточной стенки, гетерогенны. Поэтому приводимые в литературе данные по соотношению ФПЕ разного типа следует рассматривать только как средние. Лиственные лигнины более гетерогенны, чем хвойные, и доля сирингильных единиц может составлять от 20 до 60%, а иногда и выше. Например, в лигнине бука (Fagus sylvatica) соотношение единиц G:S:Н по разным данным составляет 56:40:4; 49:46:5. У травянистых растений доли сирингильных и гидроксифенильных единиц колеблются в широких пределах.

В химии лигнина принята своя нумерация атомов углерода бензольных колец в ФПЕ, отличающаяся от нумерации принятой в органической химии для фенолов, как показано на примере гваяцилпропановой единицы (см. схему 1.6). Атомы пропановой цепи обозначают греческими буквами. При написании формул структурных единиц лигнина в схемах реакций иногда пользуются сокращенными изображениями пропановых цепей: